隨著冷庫技術的進一步發展，安全問題正日益引起人們的重視，首先就是制冷劑的安全問題，氨制冷劑有毒，其在空氣中的體積濃度達到0.5%~0.6%時就會使人中毒，濃度達到16%~25%時遇到明火就會發生爆炸，而氟利昂的容積濃度超過30%時，人就會休克死亡，因此2010年后修建的冷庫都要求必須裝配電子檢漏儀等，并設立實時報警裝置。
其次是壓力安全，不管使用什么制冷劑，冷庫設備，閥門儀表等都是在一定壓力下工作，一旦壓力超限，就會發生事故。因此一般的壓縮機都有高低壓保護裝置，油壓差保護，過電流保護等相關的保護設施用來防止壓力過大帶來的安全問題。
再次是冷庫門安全問題，冷庫門的全密封設計越來越普遍，但在截斷冷橋的同時也截斷了壓力平衡的通道，有可能會造成冷庫門斷裂。另外透明門（簾）或空氣幕被推廣應用，可以避免因看不清冷庫外或者冷庫內的情況而相撞。在冷庫門上設置安全脫鉤門鎖，萬一有人被鎖在冷庫內，可以從冷庫內將門打開，避免意外事故的發生。
